Être un•e utilisateur•rice de R résilient•e
Maëlle Salmon 🏠 https://masalmon.eu 🐦 ma_salmon
Licence CC-BY-SA
👋 Bonjour depuis Nancy !
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Mon parcours R
L3 biologie à l’ENS. Premiers pas de R, ⚡ passion pour R Graph Gallery!
Master écologie, mastère santé publique. Beaucoup de scripts.
Thèse de statistique. Contribution à un paquet ! R-Forge, Rd à la main, Sweave.
Statisticienne et gestionnaire de données. Utilisation de devtools, tidyverse, R Markdown, git.
En même temps que devtools &co : Twitter, blog R, soumission d’un paquet à rOpenSci, co-fondation du meetup R-Ladies Barcelona.
Projets récents
Diverses missions pour rOpenSci, notamment maintenance du package dev guide. 🔧
Travail sur la pkgdown 2.0.0, sur fledge. ✨
Livre “HTTP testing in R” avec Scott Chamberlain. 📖
Cours “Scientific Rmd blogging”. 📝
Engagements actuels dans R
Compte Twitter de R-Ladies Global. 🐦
Éditrice pour le système de revue de paquets de rOpenSci. 📦
Diverses présentations de partage de connaissances. 😉
Retrouvez les diapos en ligne 😁
R, quelle joie de chaque instant ! …
… ou presque.
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Limiter vos peines
En prévenant les problèmes :
- Garder ses installations à jour ou pas;
- Suivre les nouveautés sans anxiété de ratage.
En résolvant plus efficacement les problèmes :
- tout·e seul·e;
- En sachant comment et où demander de l’aide.
Prévention des problèmes
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Mettre à jour votre pile technologique
Mettre R à jour
#rstats 4.1.0 "Camp Pontanezen" (source version) has been released. pic.twitter.com/Aq0cYlqriL
— Peter Dalgaard (@pdalgd) May 18, 2021
Pourquoi mettre R à jour ?
-
Compatibilité des paquets R les plus récents.
-
Plus on attend plus c’est dur de lire les changements.
Nouvelles de R
-
Échos par-ci par-là. R 3.6 & nombres aléatoires
Comment mettre R à jour
Suivre les instructions pour son système opératoire. Ubuntu, suivre les conseils de Sébastien Rochette de ThinkR.
Ré-installer les paquets ou pas ? Cela dépend de la version. rstats.wtf. Nettoyage de printemps ?
Mettre les paquets à jour
Les nouvelles versions sont censées être meilleures.
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Suivre les nouvelles du paquet ?
-
Via RStudio
-
Dépôt du paquet (release watch de GitHub), blog du paquet, etc.
À quoi s’attendre ?
Mes scripts vont-ils cesser de fonctionner après mise à jour du paquet ? 😱
Lire un article. https://www.tidyverse.org/blog/2020/10/testthat-3-0-0/
Lire le changelog. https://testthat.r-lib.org/news/index.html
Utiliser le miroir de CRAN sur GitHub. https://github.com/cran/testthat
Tout dépend du travail de communication autour du et dans le paquet.
Ne pas mettre à jour
Pour un papier, en production
-
renv (successeur de packrat)
Ne pas mettre à jour : renv
Dans chaque projet,
-
renv::init(); -
On installe / désinstalle comme d’hab,
renv::snapshot()régulièrement (stocke les infos sur les paquets dans le fichierrenv.lock); -
Nouvel ordi :
renv::restore().
Ne pas mettre à jour : renv
Cf présentation d’Élise Maigné au RUG Toulouse
Se tenir au courant
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Pourquoi se tenir au courant ?
Améliorer votre travail actuel. Exemple : rex !
Résoudre vos problèmes futurs. Exemple : savoir que reticulate existe.
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Comment se tenir au courant aide ?
Apprendre des choses sur les outils,
Connaître les organisations et personnes clés.
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Flux infinis d’information
Twitter #rstats hashtag, Twitter timeline.
GitHub timeline.
Difficiles à optimiser.
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Flux infinis d’information
😌 Ne pas vouloir tout lire.
✂️ Silencier, optimiser avec Tweetdeck (❤️ filtres dont expressions régulières) et RefinedGitHub et “custom repo watching” ?
✨ Suivre les comptes utiles pour vous.
📖 Lire Twitter for R programmers.
🤷 Et si ça ne vous va pas, passez votre chemin ! Juste un compte pour renvoyer vers votre page ?
Nouvelles agrégées
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Votre collection ?
Flux RSS de vos blogs préférés !
Par exemple via feedly.
Y compris blogs des outils que vous utilisez.
Conférences
-
satRdays
-
useR! (en ligne cette année)
-
etc.
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Conférences R
Allez-y ou…
Utilisez ce qui est en ligne (beaucoup de choses ces temps-ci 😬)
-
Lisez les programmes
-
Lisez les diapos
-
Regardez les vidéos
Conférences R, quand, où ?
R Weekly conferences section 🚀
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Pourquoi pas lire des bouquins
Big Book of R, collection de liens vers des livres R dont beaucoup sont gratuits !
Choisissez des livres récents.
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Pourquoi pas lire des bouquins
Exemple de livre que j’ai lu, très utile : R Markdown Cookbook par Yihui Xie, Christophe Dervieux, Emily Riederer.
Discuter
Avec vos collègues.
À des meetups. 😁
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Ne pas trop se tenir au courant
Se mettre à jour…Ce n’est pas tout suivre en direct !
Rien ne sert de tout lire.
“Commit to your lock-in”. Au travail, avec vos outils peut-être imparfaits.
Que faire des infos ?
Les évaluer !
-
Comme toute information, au final.
-
En demandant à vos amis de R, cf la suite de cette présentation.
Pour les paquets il y a des critères objectifs.
Critères d’évaluation de paquets
-
Développement actif ?
-
Bien testé ?
-
Bien documenté ?
-
Populaire ?
-
Développé par quelqu’un / une organisation de confiance ?
Guides sur les paquets
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Résolution des problèmes
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Ma typologie de questions sur R
Problème ! Bug ! Erreur !
Question/débat (y a-t-il un outil dans R pour faire foo? comment j’apprends bar? ggplot2 ou base plots ?)
Voyons d’abord comment résoudre seul·e ses problèmes.
Demander de l’aide ?
Après des efforts raisonnables.
🔍 Lecture de la documentation ;
🔍 Utilisation d’un moteur de recherche ;
🔍 Expérimentation.
Petite note
Éteindre et rallumer !
Ceci et autres bons conseils plus avancés dans une présentation de Jenny Bryan “Object of type ‘closure’ is not subsettable”.
Éteindre l’ordi, mais pas seulement
I love waking up and jumping back into solving a bug and immediately solving it with a fresh mind. Sleep is my favorite coding tool.
— Kelly Vaughn ☀️ kvlly.eth (@kvlly) April 23, 2021
Un petit bingo
Debugging can be frustrating for our first time #RStats students... but maybe it can lead to a spot on Debugging Bingo! DeBug-o? DeBingo?
— Dr. Ji Y. Son (@cogscimom) January 27, 2021
Here's a copy if you want to include the common errors you see in your class!https://t.co/mI3g2QfvR2 pic.twitter.com/kyOCO3jjzL
Moteur de recherche
Selon http://datacarpentry.org/semester-biology/materials/googling-for-help/
- Bien choisir les mots (Ah ! Si facile…)
- Pas trop de mots
- Spécifier R
Évaluer la crédibilité des résultats (site, auteurs, date, scores, etc.)
Résoudre son erreur avec reprex
But : D’un bug dans un script au plus petit exemple possible.
reprex de Jenny Bryan & ses docs
-
Un concept, reprex pour “reproducible example.”
-
Un excellent paquet pour communiquer un reprex.
Pourquoi utiliser reprex ?
-
Le bug isolé est plus facile à résoudre, ou sera résolu en l’isolant !
-
Vous pouvez envoyer votre bug dans un format idéal pour les expert·es !
Démo de reprex !
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Plus d’infos sur reprex &co
Un peu plus d’outils
Nouvelle démo ! browser()
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Plus de ressources de débogage
😉
there's no debugging tool quite like it 🥰🥰🥰 pic.twitter.com/ZyHMupmkcn
— Sharla Gelfand (@sharlagelfand) April 13, 2021
Plus de ressources de débogage
💣 “debugging” dans Advanced R de Hadley Wickham
💣 Webinaire “Debugging techniques in RStudio” par Amanda Gadrow
Et si on n’y arrive pas ?
Laisser tomber 😭 ou demander de l’aide !
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Où demander de l’aide ?
Le bon endroit dépend de
-
votre confiance en vous ;
-
votre question.
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Endroits les plus rassurants
Vos collègues et ami·e·s
Endroits publics de Q&As 1/2
Twitter #rstats. Questions courtes ou lien vers questions plus longues.
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Endroits publics de Q&A 2/2
Paquets. Où ouvrir un ticket sur un bug ? Regarder dans la doc et dans un moteur de recherche.
Stack Overflow. Seulement pour des bugs, questions courtes.
Mailing lists https://www.r-project.org/mail.html
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Où demander de l’aide ?
On peut devoir essayer plusieurs fois.
Plus de ressources
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Conclusion
Merci !
À Mickaël Canouil, à vous toutes et tous !
Un petit résumé avant vos questions.
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Du progrès, pas de la pression
Apprendre régulièrement, adopter reprex petit à petit…
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Aider les autres
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Développeur·se·s, écrivez de bons NEWS.md, communiquez bien.
-
Partagez les informations qui vous sont utiles !
-
Répondez aux questions des autres. En plus ça vous aide vous-même !
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🔗 https://rug-lille-maelle.netlify.app/
Pour augmenter sa rrrésilience…
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Mettre ses installations à jour (ou pas), se tenir au courant dans la mesure du possible;
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Apprendre à mieux résoudre ses soucis, savoir demander de l’aide.
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